Байерн е основан през 1900 г. във Мюнхен от група футболисти, недоволни че гимнастическият клуб, към който принадлежали, не искал да регистрира футболна секция.
Оттогава клубът се превърна в доминираща сила в германския и европейския футбол — рекордьор по шампионски титли в Германия, многократен носител на националната купа, както и многократен победител в европейски турнири.
Освен спортни успехи, Байерн е и един от най-големите клубове по брой официални членове — според клуба членската маса е над 400 000 души, което го прави сред клубовете с най-голяма подкрепа в света.
Прозвището на клуба е баварците. Отборът играе в червени екипи. Стадионът на Байерн се казва "Алианц Арена" и е за 75 000 седящи места.
Президент на германския клуб е Херберт Хайнер.
Отборът е абсолютен рекордьор по отличия в Германия и един от най-добрите в Европа. Байерн е един от четирите отбора, които са печелили и трите големи титли на УЕФА (Шампионска лига, Купа на носителите на купи и Лига Европа). Както и последният отбор спечелил три поредни издания на Купата на европейските шампиони, затова получава трофея завинаги, а освен това има и право да носи значка отбелязваща множество победи на турнира. Байерн е единствения отбор в Германия който прави дубъл 12 пъти (Шампион на Германия, Купа на Германия). Баварците са единственият отбор в Германия който постига требъл (Шампион на Германия, Купа на Германия и Шампионска лига). Байерн Мюнхен е достигал 10 пъти до финал в КЕШ/Шампионска лига, като само отборите на Реал Мадрид и Милан имат повече.
Байерн не е просто клуб — това е институция. С многовековна история, огромна фен-база и стабилни позиции, той е символ на германския футбол и на успеха.
Клубната философия, традиции и начин на управление (с членския принцип) създават усещането за принадлежност, и това прави Байерн популярен не само в Германия, но и по целия свят.
Сред легендите на клуба са Герд Мюлер, Франц Бекенбауер, Сеп Майер, Паул Брайтнер, Лотар Матеус, Щефан Ефенберг, Филип Лаам, Бастиан Швайнщайгер, Томас Мюлер и Мануел Нойер.
