Италианският пилот Валентино Роси спечели 53-и пол-позишън в кариерата си и след като даде най-добро време от 1:36.025 минути в квалификациите, спечели правото да стартира от първо място в Гран при на Холандия, преследвайки своята победа номер 100 в MotoGP. Въпреки че Роси печели втори път квалификации в сезон 2009, той дава за първи път най-добро време. В Гран при на Япония рекордьорът по титли от MotoGP стартира начело на колоната, след като квалификации не се състояха, а вместо тях решаващо беше комбинирано време от двете свободни тренировки.

Пилотът на Фиат Ямаха успя да запише по-добра обиколка от втория Дани Педроса от Репсол Хонда, който изостана само на десета от секундата в Асен, Холандия. Постижението обаче бе добро за испанеца, който ще се завърне на първия ред при старта след две слаби постижения в квалификации. Хорхе Лоренсо от тима на Фиат Ямаха пък запази 100-процентовия си актив от стартове на първия ред, след като направи трета най-добра обиколка в квалификациите. За негова сметка от четвърта позиция състезанието в Холандия ще започне Кейси Стоунър от Дукати Марлборо. Колин Едуардс с Ямаха и Лорис Капироси със Сузуки допълват стартовите позиции на втория ред.