Направилият фурор с БАТЕ Борисов Гончаренко пое ЦСКА (Москва) през декември 2016 година. Под негово ръководство до момента московчани са изиграли 129 мача и в тях са постигнали 65 победи. Гончаренко изведе отбора до Суперкупата на Русия през 2018 година и до 1/4-финалите в Лига Европа през сезон 2017/18.

Към днешна дата, след 22 изиграни кръга, ЦСКА (Москва) заема пето място в класирането на руската Премиер лига.

В треньорската си кариера младият специалист е бил наставник на още три руски тима - Кубан, Урал и Уфа.