Той е олимпийски шампион през 2004 година в Атина. Аяла започва кариерата си във Ферокарил Оесте през 1992 година, след което преминава в Ривър Плейт. От 1995 година започва периодът, в който се състезава в европейски отбори - Наполи, Милан, Валенсия и Сарагоса. С "росонерите" печели шампионската титла на Италия, а с екипа на Валенсия два пъти завоюва титлата на Испания.

 

За последно Аяла се състезаваше за Расинг. Той е на второ място в класацията на аржентинския национален отбор по брой мачове след капитана на Интер Хавиер Санети, който има 137.