Като настоящ президент на Камерунската футболна федерация (FECAFOOT), той е обект на множество обвинения, сред които присвояване на около 600 хиляди евро от приходите от приятелски срещи на националния тим.

Сред най-съществените критики към управлението му се открояват:

• Условна присъда от 22 месеца в Испания за укриване на данъци

• Подозрения за корупция и възможни манипулации на мачове

• Конфликт на интереси заради връзки с букмейкърска компания

• Съмнения за отклоняване на около 1,5 милиона долара от контроли срещу Мексико, Русия и Южна Корея

• Санкциониране на член на Изпълнителния комитет – Гибай Гатама – с 10-годишно отстраняване, разглеждано като опит за заглушаване на вътрешна опозиция

• Заплахи към треньори и играчи

• Манипулиране на изборния процес чрез промени в устава, възпрепятстващи независимите кандидатури

Юридически действия срещу Ето'о вече са предприети от група камерунски спортни функционери, начело с международния адвокат Еманюел Нсалай. Жалби са подадени до Министерството на спорта в Камерун, Етичната комисия на ФИФА и Африканската футболна конфедерация (CAF). Те настояват за временно отстраняване на Ето'о от поста, преразглеждане на устава на федерацията и официално разследване от страна на ФИФА.

„Това не е атака срещу Самуел Ето'о като футболист. Като играч той остава легенда. Нашата цел е да защитим бъдещето на камерунския футбол и да възстановим ценности като почтеност, честна игра и стремеж към върхови постижения“, заяви адвокат Нсалай.